یکی از رهبران یامابوشی ها تلاش کرد که بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتوایسم صلح ایجاد نماید که نتیجه آن سرازیر شدن جنگجـویان دولتی برای سرکوبی یاموبوشی ها شد. البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشـی ها یا نینجـاها به تکمیـل فنــون رزمی و جنگـی خود که بوسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می کردند بپردازند. در سال 1192 با شروع دوران فئودال ژاپن تعدادی از طوایف فامیـلی نینجـاهـا منشعـب شـدند و به چریک های حرفه ای و نیروهـای سری تبدیل شدند که به استخدام اربابان ایالات مختلف (دایمیوها) در می آمدند. در بین سالهای 1192 و 1333 بعد از میلاد تعداد مکتبهای نینجا به 25 مکتب با تکنیک های خاص خود رسید. دراکثر این سالها دو ایالت (کوگا و ایگا) در ژاپن توسط نینجاها اداره می شد.

خانواده های (هاتوری، موموچی، و فوجی بایاشی) از معروف ترین خانواده های نینجا بودند. از تحقیقات   بدست آمده عقیده بر این است که هنر رزمی نینجوتسو ریشه در قلب تاریخ کهن چین و ژاپن دارد،عقاید و نظـرات فراوانی از شروع و گسترده شدن این هنر رزمـی درجهـان وجـود دارد. هنـر رزمـی نینجوتسـو با قدمت 800 ساله ریشه در تاریخ دارد و در حقیقت هنری است که مسئولیت پذیری را می طلبد.

یک هنرجوی نینجوتسو برای پیروز شدن نیازمند اصول اولیه است که از جمله برخورداری از روحـی قوی، قلبـی آزاد، هوشی سرشار، روحیـه مبارزه طلـبی و شرایط روحی عـالی و تمرکز حواس می بـاشد. نینجـاهـا یـک سیستم و نظم خاص و دقیقی داشتند که توسط یک رهبر که به آن (جونین) می گفتنــد اداره می شـد و به کسـانی که به نینجـاهـا مامـوریـت می دادنـد (چـونـین) مـی گفتنـد. بـه طبقات پائین تر که مـاموریت انجــام مـی دادند (جینین) می گفتنـد . جینین ها در واقـع هیچگاه دستـورات را بطور مستقیـم از جونین دریافت نمی کردند بلکه چونین هــا بعنوان واسطه بین جونین و جینین ها عمل می کردند و دستـورات و پیامهای جونین را به جینین ها می رساندند. جینین ها برای انجام ماموریت با طرز استفاده اغلب سلاحهای زمان خود آشنایی کامل داشتند و روانشناسی جامعه را بخوبی میدانستند و با همدیگر از طریق رمز ارتباط داشتنـد. اگر احیانا یک نینجا به دام مـی افتـاد و اسـیر می شـد (که بسیار کم رخ می داد) مردم او را زجـر فراوان می دادند تا بتوانند اسـرار آنها را بدست آورند. بعضی از خانواده های نینجا به دلیل جنگ داخلی (دایموها) به قــدرت و نفــوذ رسیدند و اغلـب در مناطق ایگا و کوگا در شرق دریاچه بیواء اقامت گزیدند (ادا نبون اگا) که می خواست تمامی نیروهای نظامی ژاپن را متحد نماید در سال 1581 ارتشی متشکل از 46 هزار نفر را به جنـگ نینجـاهــا کــه 4 هزار نفر بودند، فرستاد.در این نبـرد نابرابر اغلـب نینجـاهـا کشتـه و یا اسیر شدند و آن تعداد که توانستند، به کوه ها فرار کرده و با مردم کوهستان به تکمیل فنـون مخصوص خود و هر چه کاربــردی  تر کـردن آن پرداختند و هنرهای رزم خود را از پدر به پسر منتقل کردند.